医院药学部集药品供应保障、药学技术服务、科研教学为一体，是湖南省个体化药物治疗咨询指导中心怀化分中心，怀化市临床用药质量控制中心、怀化市医学会临床药学专业委员会挂靠单位，临床药学学科是市级重点专科。已基本形成了四个方向：1、治疗药物监测和个体化用药；2、药物临床试验和上市后药品临床评价方法研究；3、针对心脑血管疾病、糖尿病等慢病患者、神经系统疾病及特殊人群的药学服务；4、民族医药开发。

药学部设有发热药房、门急诊药房、住院药房、中药房、药品库房、临床药学室和Ⅰ期临床研究室等部门。现有药学专业技术人员29人，其中主任药师1人，副主任药师6人，主管药师13人；硕士7人，具有本科及以上学历人员占62.1 %。

科室坚持“以患者为中心”的理念，保障药品供应，开展药学服务，促进临床安全合理用药。呼吸科、心内科、内分泌科和血液肿瘤科科等临床专业配备有专科临床药师，开展药学查房、药学监护、药师会诊、患者用药教育和咨询等服务；治疗药物监测现开展15个品种，有助于患者个体化给药方案制订和药物相互作用的研究，为患者安全合理用药保驾护航，也促进临床药学与临床医学全面、科学、协同发展。

科室近年来发表论文15篇，其中SCI收录5篇；获怀化市科技进步成果二、三等奖4项；主编、副主编著作5部；近年来成功申报湖南省自然科学基金项目2项、湖南省教育厅课题项目3项，湖南省中医药管理局重点项目、湖南省卫健委、湖南省科技厅项目各1项，湖南医药学院2项，怀化市科技局1项，白求恩基金会横向课题2项。荣获“中国药学会2017年信息网工作先进单位”、“湖南省临床用药质量控制中心2018年度优秀市州临床用药质控中心”、“湖南省医院协会药事管理专业委员会2020年度巡讲优秀单位”以及多次被评为“怀化市优秀质量控制中心”、“怀化市药品不良反应/事件监测工作先进单位”等集体荣誉与奖励。

药学部作为湖南医药学院临床药学教研室主任单位，承担、《药学服务概论》、《临床药理学》等课程的教学以及继续教育、进修培训、实习带教工作。作为“怀化市临床用药质量控制中心”挂靠单位，为全市临床用药质量控制和合理用药水平的提高起到了重要的作用。